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Cessant de se définir dans la confrontation avec la scolastique, la chimie doit alors se penser de manière autonome. ElleAvec l'apparition de la physique de [[Galilée (savant)|Galilée]] et [[Isaac Newton|Newton]], un nouveau paradigme scientifique tend à servir de modèle aux autres sciences émergentes. La chimie doit affronter les critiques de [[Descartes]] qui dans ''[[Les Principes de la philosophie]]'' (1644), affirme le caractère erroné des principes de la chimie car {{citation|toutes les conclusions qu'on déduit d'un Principe qui n'est pas évident ne peuvent aussi être évidentes}}<ref>{{Ouvrage
| titre = Descartes et la chimie
| éditeur = Vrin, Mathesis
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